Contrairement à ce que l'on peut lire ici ou là, Freeplane n'est ni le remplaçant ni la suite de Freemind. En effet, il convient de remettre ces logiciels dans leur contexte. Ils sont tous deux développés selon les règles en vigueur dans le monde de l'OpenSource. Par définition, les codes source ayant servi à développer un programme OpenSource sont librement modifiables par n'importe quel utilisateur (pour peu qu'il ait quelques talents de développeurs, quand même !). Seules quelques règles doivent être suivies : elles concernent par exemple la commercialisation (ou plutôt la non-commercialisation) des logiciels ainsi créés. Le couple Freemind-Freeplane, s'inscrit totalement dans ce cadre. Pour être précis, Freeplane est ce qu'on appelle un "fork" dans le jargon OpenSource, jargon que vous pouvez retrouver dans ce court mais très bon article sur le sujet, dont voici un extrait : "A tout moment, une équipe qui n'est pas satisfaite de la direction prise par tel ou tel logiciel peut donc reprendre une ancienne version de son produit et faire évoluer l'outil dans un autre sens. C'est cela que les développeurs de logiciels libres appellent un fork, ou une branche dérivée". Donc Freeplane peut vivre sa vie, et Freemind continuer la sienne. Quand bien même il devrait exister une compétition entre ces deux logiciels, il serait difficile de présager de qui, entre Freemind et Freeplane, supplantera l'autre. Comme souvent, c'est le dynamisme des équipes de développement mais aussi des utilisateurs qui marquera la différence.

La différence essentielle (au sens strict) entre les deux logiciels tient à leurs fondations, comme pour un bâtiment : ce sont les fondations, invisibles pour les non-connaisseurs, qui feront la différence à terme, même si les 2 bâtiments, sont visiblement identiques. C'est pour cette raison que la première-ante-pré-version de Freeplane ne semblait pas avoir de différence avec Freeplane. Et pourtant...
Cette redéfinition de la structure de Freeplane a permis à sa principale cheville ouvrière, Dimitry Polivaev, de continuer à proposer de nouvelles fonctionnalités. La liste des ces nouveautés est par ailleurs impressionnante. En voici un court aperçu : insertion et redimensionnement des images simplifiés, nouvelles formes de lignes, liens graphiques optimisés, fonction recherche étendue à toutes les cartes ouvertes, position de la barre de notes modifiable, copier/coller de données externes largement amélioré pour ne citer que les plus frappantes.
Se pose alors la question suivante : dois-je utiliser Freemind, largement plus utilisé que Freeplane, ce dernier restant le plus novateur des deux aujourd'hui ? Choix cornélien s'il en est. Mais tout dépend, finalement, de votre profil.

Si vous souhaitez utiliser le logiciel pour vos besoins propres, sans échanger de cartes avec des tiers, il n'y a pas de doute aujourd'hui : même dans sa dernière version alpha, Freeplane est suffisamment stable et vous profiterez pleinement des nouveautés offertes. Par contre, si vous envisagez de partager vos créations, il est fort probable que les utilisateurs Freemind ne pourront pas bénéficier du formattage complet de vos cartes.

Là encore, Freeplane risque de vous décevoir. Si la structure de vos cartes sera bien restituée, Freeplane ne saura pas récupérer convenablement les liens hypertextes créés sous Freemind (notamment dans le cas de l'utilisation de caractères accentués ou d'espace dans ces liens). Il conviendra alors de recréer manuellement l'ensemble de ces liens...travail long et fastidieux.

Comme souvent, il n'y a pas de réponse unique à ces questions. Toutefois, Freeplane vaut largement le détour, même pour un utilisateur acquis à la cause de Freemind. Un autre point d'entrée pour "passer le cap" est de raisonner selon le contexte. Ainsi, en ce qui me concerne, je travaille sur Freemind au niveau professionnel, avec Freeplane sur le plan personnel et le très bon DropMind et son pendant web pour des cartes dont l'esthétique sera la priorité.